第二集中，尼奥（(👺)基(jī )努·(🤳)里维(wéi )斯 Keanu Reeves 饰）没有能(néng )从内部摧毁“母体”，他的(🌹)身体在真实世界的飞船(chuán )(🚶)上陷于昏迷，思想却被困在(🈺)介于“母体”和真实(shí )世界的(🥤)中(zhōng )间地带，这个地方由“火车(🔎)人(rén )(🌂)”控制。墨菲(fēi )斯(sī )（劳伦斯(sī )·菲什伯恩(ēn ) Laurence Fishburne 饰(📬)）和崔(cuī )妮蒂（凯瑞(ruì )(🍹)-安(🏸)·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰(shì )）等(⛅)人知道了(le )尼奥的情况，在守护(hù )天使的(🔍)带领下， 找到了“火(🏖)车(chē )(🍝)人(rén )(🐸)”的控制者梅罗纹奇(🔝)，经过一番激(⏭)斗(dòu )，将尼奥救(jiù )了(le )出(chū )来(👧)。此时(shí )，电子乌(wū )贼部(bù )队对锡安发起了猛(🕳)烈的攻击，人(🛰)类(⏸)组(zǔ )织所有机(jī )甲战士展开顽强的抵(dǐ )抗，形势危在旦夕(xī )；尼奥和崔妮蒂驾(♈)驶了一艘飞船克(kè )服重重困难，到(💽)达(dá )机(jī )器城市(shì )，尼奥终(📂)于(🚔)见(🏜)到(dào )了机(🈳)器(qì )世界的统(tǒng )治者“机(jī )器(qì )大(dà )(📏)帝”，双方谈(🥤)判并达(dá )成了协议：尼奥(ào )(🐆)除掉不(bú )(😓)受(shòu )“母体”控制的史密斯(🗼)，以换取(qǔ )(🤜)锡安的和平。在(zài )“母体(🏳)”中(✏)，尼(😾)奥和史密(🌭)斯(🍙)展开(🚽)了关系人(✝)类生(shēng )(🔙)死存(㊙)亡的(🖇)最(zuì )后决斗。